Приговором от 18 июня 2009 года Савеловского районного суда г. Москвы признан виновным в совершении преступления, предусмотренного ч. 2 ст. 280 УК РФ (публичные призывы к осуществлению экстремистской деятельности, совершенные с использованием средств массовой информации); назначено наказание в виде 2-х лет лишения свободы (условно) и запрещения работать главным редактором.

29 июля 2015 года решением Хамовнического суда вместе с соратником Валерием Парфеновым и журналистом РБК Александром Соколовым был заключён под стражу по обвинению в продолжении экстремистской деятельности в составе АВН перед которой, по заявлению обвиняемых, поставили целью «создание инициативных групп по проведению референдума» о внесении поправок в Конституцию и принятия закона «За ответственную власть» (позволявшего оценивать работу депутатов, сенаторов и руководства страны после истечения их полномочий). Следствие полагает, что цель была в «расшатывании политической обстановки в сторону нестабильности и смене существующей власти нелегальным путем». Все обвиняемые просили избрать им альтернативные меры пресечения из-за состояния здоровья и наличия иждивенцев. Но суд санкционировал их нахождение в СИЗО: Мухина — до 29 сентября, а Соколова и Парфенова — до 22 сентября.

5 августа российские правозащитники Людмила Алексеева, Светлана Ганнушкина и Лев Пономарев опубликовали обращение, в котором назвали арест Мухина, Парфенова и Соколова примером преследований, характерных для недемократических режимов, нарушающих базовые права и принципы демократического общества и призвали к их немедленному освобождению. Действия властей были оценены как нарушение прав граждан на объединение и на выражение своей позиции, что предусмотрено конституцией РФ, а предъявленные обвинения описаны как голословные, безосновательные и незаконные